長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是長度大于200nt的RNA分子。它們不編碼蛋白，但參與細胞內多種過程調控。近年來的研究表明，lncRNA參與了X染色體沉默，基因組印記以及染色質修飾，轉錄激活，轉錄干擾，核內運輸等多種重要的調控過程，lncRNA已經成為非編碼RNA研究領域的一個熱點。

伯豪生物針對廣大客戶的需求，開發出全新的lncRNA芯片，并利用Agilent公司專利的SurePrint技術制造。伯豪lncRNA芯片可檢測人，大鼠，小鼠，助您的lncRNA研究一臂之力。

lncRNA研究技術線路

芯片參數

技術特點

• 目前市面上探針密度最高的lncRNA芯片產品；
• 芯片采用Agilent eArray平臺設計，使用Agilent SurePrint技術合成，技術重復性高于99%；
• 覆蓋主流數據庫所有lncRNA，可同時檢測lncRNA和mRNA，并挖掘兩者之間的關聯；
• 檢出率高：隨機引物擴增方式，可同時擴增帶Ploy-A和不帶Poly-A的lncRNA，確保更多的lncRNA被檢測出來；
• 提供完整lncRNA芯片數據分析解決方案。

數據分析流程

LncRNA與mRNA共表達網絡構建

共表達網絡圖（Coexpression Network）是根據基因表達信號值的動態變化，計算基因間的共表達關系，得到基因間的表達調控關系及調控方向，從而構建基因的表達調控網絡。通過研究lncRNA與mRNA的共表達關系，研究者可通過分析lncRNA調控能力，獲得樣本隨實驗變化的核心調控lncRNA。

備注：紅色為lncRNA, 綠色為mRNA。

經典運用案例——黑色素瘤

      黑色素瘤是一種惡性程度極高，占皮膚腫瘤死亡病例的極大部分的常見腫瘤。對黑色素瘤特異性lncRNA的發現及其功能研究有助于對黑色素瘤進行更加精確的診斷和藥物開發。
      案例：Leucci E，Vendramin R，Spinazzi M，Laurette P，Fiers M et al. Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON. Nature. 2016 Mar 24;531(7595):518-22.

      本研究通過對TCGA上SNP數據和RNA-seq數據挖掘，找到了黑色素瘤特異性lncRNA-SAMMSON。生物信息學分析和驗證表明SOX10可直接調控其表達。基因敲降等實驗驗證SAMMSON影響黑色素瘤細胞的生存能力。此外，通過體外和腫瘤移植模型實驗表明，SAMMSON可以和p32互作，在線粒體中影響腫瘤的致瘤性。該研究為理解lncRNA-SAMMSON在黑色素瘤中的調控機制提供了理論基礎。

a. SAMMSON黑色素瘤樣本DNA拷貝數結果。

d. SAMMSON在黑色素瘤樣本中特異性高表達。

e. 不同組織和細胞樣本驗證SAMMSON特異性表達。

經典運用案例——乳腺癌

      乳腺癌是一種常見的腫瘤，同時，乳腺癌也是一種極易復發和發生轉移的惡性腫瘤。上皮細胞到間質細胞的轉化（EMT），是發生腫瘤轉移的重要因素之一。Twist，一種b-HLH轉錄因子，通過下調E-cadherin，對細胞的運動和侵襲起到非常重要的調控作用。尋找和研究Twist調控相關lncRNA有助于我們對腫瘤轉移過程的理解，也能為更好的對腫瘤轉移進行診斷和治療提供靶標。
      案例：Hu P，Yang JJ，Hou YX，Zhang HL，Zeng ZY et al. LncRNA expression signatures of twist-induced epithelial-to-mesenchymal transition in MCF10A cells. Cellular Signalling 26 (2014) 83–93.

      該研究利用高通量lncRNA芯片（由上海伯豪生物技術有限公司提供）篩選和生物信息學分析，找到了在Twist過表達下差異表達lncRNA和mRNA。通過后期功能的驗證，找到了腫瘤細胞遷移相關轉錄因子Twist誘導的EMT過程相關lncRNA和mRNA，為我們理解腫瘤轉移過程中，Twist通過影響lncRNA而調控EMT過程提供了理論基礎。

Twist調控lncRNA影響EMT作用模式圖

經典案例——乳腺癌干細胞

      本研究是上一篇研究的衍生性工作。在Twist轉化細胞系時，研究人員發現Twist影響EMT過程會影響腫瘤細胞干性（CSC）。因此，通過對上述研究芯片結果（由上海伯豪生物技術有限公司提供）進行挖掘和深入驗證，找到了由Twist調控，影響乳腺癌腫瘤細胞干性的lncRNA-Hh。
      案例：Zhou M, Hou Y, Yang G, Zhang H, Tu G et al. LncRNA-Hh Strengthen Cancer Stem Cells Generation in Twist-Positive Breast Cancer via Activation of Hedgehog Signaling Pathway. Stem Cells. 2016 ,34(1):55-66.

      本研究發現在轉錄因子Twist誘導的乳腺癌細胞EMT轉化過程與腫瘤干性密切相關。通過芯片篩選和cis/trans靶基因預測與功能分析，該研究發現與Hedgehog通路相關的lncRNA-Hh可直接靶定GAS1，進而激活該通路。進一步的實驗表明，lncRNA-Hh增強SOX2和OCT4的表達，維持CSC特性和腫瘤致瘤性。該研究為理解Twist調控乳腺癌過程中lncRNA的角色提供了理論基礎。

LncRNA-Hh促進乳腺癌腫瘤致瘤性

單位介紹

•        上海伯豪生物技術有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據國內外研發外包發展的需要，整合旗下系統技術平臺、商業化服務體系、高素質服務團隊等資源成立的致力于研發外包服務的專業化公司。

  上海伯豪生物技術有限公司擁有六大服務平臺：生物樣品分析平臺、微陣列芯片平臺、新一代測序平臺、生物標志物平臺、分子檢測平臺、生物信息平臺，憑借高標準的技術平臺和多樣化的服務等競爭優勢，公司向國內外企業和相關單位提供系統的生物學研究全面解決方案。目前正在為多達18家跨國制藥企業（包括排名前10位的跨國制藥企業）和超過3000家的國內科研機構、醫院等提供基因表達譜、基因分型、比較基因組學、DNA甲基化、miRNA、生物標志物篩選及確認、生物信息等技術服務。 

  公司擁有一支以上海為基礎，輻射全國的強大市場營銷隊伍和銷售網絡，已設立華北、華南、華東三個大區十五個辦事處，推廣公司的主導技術服務、代理產品，快速提升公司品牌的知名度，擴大影響力。過去10年承接項目數超過10000個，用戶單位3000家以上，協助客戶發表SCI論文700余篇（影響因子共計3000多分），全面推動了中國基因組學服務產業的發展。 

  公司建立了規模化的質量控制體系，通過了ISO9001: 2008質量技術體系的認證，并參照GLP-L的標準，通過128個SOP文件對項目、樣品、實驗過程、生物信息分析過程、數據信息管理、保密等進行嚴格質控。尤其是數據管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數據真實性、可靠性提供了保證。

  公司的系統化技術平臺和高質量的服務體系得到了廣大客戶認可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續獲得了國際知名高通量技術廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術服務中心認證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優秀供應商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認證的服務提供商，是Agilent公司在國內唯一認證的服務提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區最佳服務供應商”和“Affymetrix公司優秀服務商”稱號。

  
  

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