作物表型組學研究設施依托南京農業大學建設，2018年啟動預研建設，2019年2月教育部和江蘇省人民政府簽署共建作物表型組學研究設施協議，以創建國家重大科技基礎設施為目標，旨在實現作物表型的系統化與標準化，系統解析基因型-環境-表型關系，主要開展高通量表型數據采集與鑒定系統、環境模擬與檢測系統、表型組-基因組大數據分析與整合系統研究等。設施占地面積約200畝，預計總投入14億元，建成后將具有從分子細胞到組織形態多層次、多生境和全生育期多尺度，對六種以上主要作物進行年百萬株及日百畝大田表型精準采集與深度解析的能力。為系統揭示作物表型形成規律與基因和環境調控機制、構建高效精準分子設計育種體系提供支撐，對于引領世界作物科學研究和農業產業發展，保障我國生物種業和糧食安全具有重要意義。截至2019年底，已建立一支人數為76人的科學素質高、專業門類齊全、經驗豐富的國內外研發和工程技術隊伍。